miniatuur|Het genoom van SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 (voorheen bekend als 2019-nCoV) is een virus dat de besmettelijke luchtwegaandoening COVID-19 bij mensen veroorzaakt. Besmetting met het virus heeft in 2020 een pandemie tot gevolg gehad. SARS-CoV-2 is een virusstam uit het geslacht betacoronavirussen uit de onderfamilie van coronavirussen. Er wordt verondersteld dat het virus een zoönotische oorsprong heeft.
Structuur thumb|left|350px Het virus bestaat uit het virusgenoom omgeven door een bolvormige virusenvelop, een voornamelijk uit lipiden bestaand membraan. In die virusenvelop bevinden zich verder het membraaneiwit, dat een sleutelrol speelt in de vorm van de virusenvelop, en kleine hoeveelheden van het envelopeiwit, dat betrokken is bij diverse processen in de vermeerderingscyclus van het virus. Op de membraan zitten grote uitsteeksels, de spike-eiwitten. Deze bestaan elk uit drie glycoproteïnen – eiwitten met een suikergroep eraan – die een sleutelrol spelen bij hechting aan receptoren op de membranen van dierlijke cellen.
Het genoom van SARS-CoV-2 heeft een lengte van 29.903 nucleotiden en bestaat uit verschillende genen die coderen voor de eiwitten waaruit het virus is opgebouwd.Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome (complete genetische code van het virus); hier (interactieve genenkaart), beide op de NCBI GenBank.Genomic sequencing of SARS-CoV-2 A guide to implementation for maximum impact on public health
Er zijn ten minste 87 regio's in het RNA geïdentificeerd die naar alle waarschijnlijkheid duidelijke, compacte structuren vormen. Minstens tien procent van die structuren staan onder sterke evolutionaire selectiedruk in coronavirussen, wat er op duidt dat ze een functie hebben. Er zijn kleine holtes in een aantal RNA-structuren die kunnen dienen als doelwit voor kleine moleculen om de werking van het virus-RNA te blokkeren. Er zijn ook delen in het virus-RNA die geen structuur bevatten, zodat het enkelstrengs-RNA niet is afgeschermd. Op die plekken is het mogelijk om antisense-therapie in te zetten.
Aan het modelleren van de virusstructuur en de functies wordt anno 2022 nog steeds verder gewerkt. Een bron van openbaar toegankelijke correcties en modellen is de Coronavirus Structural Task Force.
Fylogenie en taxonomie Dit virus behoort tot de familie van coronavirussen. Deze behoren tot de positief enkelstrengs RNA-virussen en worden zo genoemd vanwege de 'krans' ('corona' betekent 'krans' of 'kroon' in het Latijn) rond de losse virusdeeltjes (virionen).
Van de bekende coronavirussen is er een zevental in staat om mensen te infecteren. De ziekteverschijnselen variëren van een onschuldige verkoudheid tot ernstigere aandoeningen zoals Middle East respiratory syndrome (MERS) en Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). SARS-CoV-2 is op grond van de genetische overeenkomsten ingedeeld bij de SARS-gerelateerde coronavirussen, wat niet betekent dat COVID-19 dezelfde ziekte is als SARS: het gemiddelde beloop en de besmettelijkheid wijken af.
Bij het vergelijken van het genoom van dit virus met andere bekende virussen, werd een overeenkomst van 80% met het SARS-CoV gevonden en een overeenkomst van 96% met sommige coronavirussen die bij vleermuizen voorkomen. De kans dat SARS-CoV-2 op natuurlijke wijze geëvolueerd is uit deze vleermuizen is echter extreem klein, aangezien hier normaal gesproken zo'n 50 jaar, maar ten minste 20 jaar aan natuurlijke selectie overheen gaat. De WHO kwam in maart 2021 met een rapport waaruit blijkt dat de eerste transmissie van dieren naar mensen direct heeft plaatsgevonden, of indirect via besmet voedsel of een andere gastheer. Daarnaast beschouwt de WHO een niet-zoönotische transmissie door een lab incident als vierde mogelijkheid.
Een reconstructie van de fylogenetische stamboom van het virus-genoom maakte aannemelijk dat het virus geen lange evolutie heeft gehad in menselijke gastheren, voordat het in Wuhan opdook. De eerste overdracht op mensen vond waarschijnlijk in november of december 2019 plaats.
Varianten
Door de analyse van de stamboom en het benoemen en vervolgen van zijn verschillende takken probeert men inzicht te krijgen in factoren die de verspreiding beïnvloeden. Een op 25 november 2020 gepubliceerd wetenschappelijk onderzoek beschreef dat de tot dan toe onderzochte mutaties, ruim vijfenveertigduizend, op zichzelf geen effect leken te hebben op de verspreidingssnelheid. De selectiedruk op het virus neemt toe naarmate meer mensen geïnfecteerd zijn geweest of gevaccineerd zijn of als het aantal besmettingen hoog is tijdens een lange vaccinatietijd.
In de herfst van 2020 vonden onderzoekers in Zuidoost-Engeland de alfavariant, in de media aanvankelijke de 'Britse variant' genoemd, die theoretisch besmettelijker zou kunnen zijn op basis van de mutaties in het spike-eiwit. De vondst correleerde met een stijging van de incidentie aldaar, die echter ook te verklaren is met een stichtereffect. Sommige beleidsmakers zagen in deze variant, in tegenstelling tot de onderzoekers, een directe bedreiging en namen maatregelen om een uitbreiding in te perken. Andere experts vonden de bewijslast dun.
In Zuid-Afrika werd eind 2020 de bètavariant (in de media ook wel de 'Zuid-Afrikaanse variant' genoemd) gevonden. Deze werd in Zuid-Afrika snel dominant, hetgeen wijst op een grotere besmettelijkheid.
De gammavariant (in de media ook wel de 'Braziliaanse variant' genoemd) werd voor het eerst aangetroffen in Japan bij 4 reizigers uit Brazilië. In december 2020 bleek deze relatief vaak voor te komen in de Braziliaanse deelstaat Amazonas.
Naamgeving Tijdens de pandemie noemden mensen het virus vaak kortweg ‘het coronavirus’, hoewel deze naam eigenlijk een veel ruimere groep van virussoorten aanduidt.
Aanvankelijk had het virus uiteraard nog geen eigen naam.Helen , It’s been sequenced. It’s spread across borders. Now the new pneumonia-causing virus needs a name, STAT News 23-1-2020 Men duidde het virus daarom simpelweg aan als ‘nieuw coronavirus’, in het Engels een ‘novel coronavirus’. Met het jaartal van ontdekking erbij werd dit afgekort tot 2019-nCoV Zhangkai J. & Jing, “2019 Novel coronavirus: where we are and what we know”, Infection, preprint 18-2-2020 (samenvatting op PubMed) of nCoV-2019. Zhou (et al.), Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin, preprint 22-1-2020 op BioRxiv
Een informele aanduiding in de eerste wetenschappelijke publicaties van Chinese onderzoekers was het “Wuhan seafood market pneumonia virus” of “Wuhan-Hu-1 virus”, naar de stad waar het virus voor het eerst opdook.Zie bijv. deze publicatie A novel coronavirus associated with a respiratory disease in Wuhan of Hubei province, China, door Wu,F., Zhao,S., Yu,B., Chen,Y.-M., Wang,W., Hu,Y., Song,Z.-G., Tao,Z.-W., Tian,J.-H., Pei,Y.-Y., Yuan,M.L., Zhang,Y.-L., Dai,F.-H., Liu,Y., Wang,Q.-M., Zheng,J.-J., Xu,L., Holmes,E.C. and Zhang,Y.-Z., ingediend voor publicatie op 5 jan. 2020 bij het Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China. Massamedia verwezen in de weken daarna ook regelmatig naar de naam van de stad waar de epidemie was uitgebroken: ‘het coronavirus uit Wuhan’, het ‘Wuhan-coronavirus’ of het ‘Wuhan-virus’.
Op 11 februari 2020 maakte de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) bekend dat de ziekte die het virus veroorzaakt de naam COVID-19 zou krijgen, een afkorting van coronavirus disease (coronavirusziekte) met het jaartal van ontdekking. Directeur-generaal Tedros Adhanom Ghebreyesus van de WHO zei dat er een naam nodig was die niet zou verwijzen naar een bepaalde geografische plek, een dier of een groep mensen. Ook moest de naam uitspreekbaar zijn.WHO noemt ziekte die coronavirus veroorzaakt COVID-19, NU.nl, 11 februari 2020 (bijgewerkt 13 februari); zie ook de toespraak van de WHO-directeur zelf (WHO 11-2-2020)
Dezelfde dag stelde de Coronavirussenwerkgroep van het International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) voor om voor het virus zelf voortaan de naam ‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2’ te gebruiken, afgekort ‘SARS-CoV-2’, vanwege de gelijkenissen met het SARS-virus dat officieel dezelfde naam draagt, maar dan zonder het volgnummer 2. Beide virustypen zijn ingedeeld bij de soort Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-gerelateerd coronavirus).Alexander E. et al., Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group, preprint 11-2-2020 op BioRxiv, DOI 10.1101/2020.02.07.937862
Dit idee kreeg kritiek van Chinese virologen omdat sommige andere virussen sterker overeenkomen met het SARS-virus en toch een eigen naam hebben en omdat de ziekte COVID-19 op verschillende punten afwijkt van de ziekte Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). De nieuwe virusnaam zou dus verwarring veroorzaken en mogelijk zelfs paniek. Als alternatief stelden zij human coronavirus 2019 (menselijk coronavirus 2019) met de afkorting HCoV-19 voor. Shibo et al., A distinct name is needed for the new coronavirus, The Lancet, correspondentie, 19-2-2020, DOI 10.1016/S0140-6736(20)30419-0
Om dezelfde reden koos de WHO in publiekscommunicatie voor omschrijvingen als “the virus responsible for COVID-19” of “the COVID-19 virus” (het virus verantwoordelijk voor COVID-19 respectievelijk het COVID-19-virus) en geeft daarbij aan dat deze omschrijvingen niet zijn bedoeld ter vervanging van de officiële naam SARS-CoV-2.Naming the coronavirus disease (COVID-19) and the virus that causes it, WHO
Bij de bovenstaande controverses bleef het niet: in de Verenigde Staten werd de naam van het virus onderdeel van een politiek steekspel. President Trump noemde het virus in maart herhaaldelijk “het Chinese virus” wat hem op brede kritiek kwam te staan, omdat het zou leiden tot stigmatisering, toenemend racisme en zelfs fysiek geweld gericht tegen Chinezen en andere mensen van Aziatische herkomst in de VS. Een medewerker van het Witte Huis sprak zelfs van de “Kung Flu”. Later gebruikte Trump dat woord zelf ook tijdens een partijbijeenkomst in Oklahoma. Trump noemde zijn woordkeuze een verdediging tegen desinformatie uit China als zou het Amerikaanse leger achter de uitbraak zitten. Ook verwees hij naar andere virussen die jaren eerder wél een geografische naam hadden gekregen zoals het Westnijlvirus en het Ebolavirus.Trump defends using ‘Chinese Virus’ label, ignoring growing criticism, The New York Times, 18 maart 2020. Geraadpleegd op 29 maart 2020.Het ebolavirus heeft bewust de naam gekregen van een rivier op ruime afstand van het dorp waar het was ontdekt, om dat dorp niet op te zadelen met een stigma.Donald Trump calls Covid-19 'kung flu' at Tulsa rally, The Guardian, 21 juni 2020. Geraadpleegd op 16 aug. 2020.
Ziekteverloop en symptomen
Epidemiologie
De eerste uitbraak van het virus werd halverwege december 2019 gesignaleerd in de Chinese miljoenenstad Wuhan. Veel van de eerste besmettingen zijn gerelateerd aan de wet market aldaar. Het virus verspreidde zich vervolgens via besmette reizigers naar andere provincies van China en naar andere landen.
De veronderstelde eerste patiënt (patiënt zero) kreeg ziekteverschijnselen op 1 december 2019. Op 12 december 2019 werd zeer waarschijnlijk de eerste patiënt in het Wuhan Central Hospital opgenomen.
Op 24 december 2019 nam longarts Su Zhao in het Central Hospital in Wuhan, de hoofdstad van de Chinese provincie Hubei een longslijmmonster af bij een 65-jarige man die met een ernstige longontsteking op de IC was opgenomen en hij stuurde het naar het genoombedrijf Vision Medicals in Guangzhou. Met metagenomic next generation sequencing werd op 26 december 2019 vastgesteld dat het een coronavirus betrof. Op 27 december 2019 werd de analyse herhaald en was het virusgenoom nagenoeg compleet. Het bleek om een nog niet bekend coronavirus te gaan.